fastqのトリミングがうまくいかず、学会から帰ってきた後苦悩していました。これぞ初心者の醍醐味。何をしたかったのかというと、これまであまり考えずにやっていたfastqトリミング (CLC genomics workbench上でのマッピング用)を、いざ他のパッケージにイン…

海外から帰ってきました。 再開したいところですが学会の準備でちょっとむりぽ。

以前インストールしたときは息をしていなかったSMRTanalysisちゃんは少しだけ動きました。替えた部分と言えば、さっぱりわからなかったJob management systemのところ（以前の状況はこちら）で、「None」としてスルーしていた部分を「PBS」とし、いかにもわ…

1. DVDに焼いたCentOS6.5から立ち上げ→インストール開始。 参考にしている（というかマネしている）のは、遺伝研の講習会。 http://www.genome-sci.jp/seminar201311.html 「Linuxサーバの構築」を丸パクリ。少し変えたのは、 ・使用言語を英語にした。 ・My…

これまでの経緯をノートにまとめ、OSを入れなおしました。これまでやったこと、半日でできた。これを進歩と捉えてよいのかどうかはわかりませんが。次やりたいこと ・Pacbioデータを使いこなしたい SMRTanalysisとSpraiのリベンジ。そろそろメーカーさんに問…

まだまだ確認しておかなくてはいけないことがたくさん。なかなか初期化できません。1. SRA toolkit NGSデータはsra形式というものでデータベースに保管されているようなので、これを塩基配列（ふつうfastq形式）に変換するためにはこいつを使わなくてはいけ…

おまけにもう一つ。platanus Genome Assembler http://platanus.bio.titech.ac.jp/de novo assemblyをする機会が増えそうなので、動作確認。 サイトを見ると、binファイルでダウンロードできると書いてある。とりあえずダウンロードして、実行ファイルに変換…

最後にもう一つ。 SNVer http://snver.sourceforge.net/start.html これも同じような目的のツール。せっかくなので全部入れてしまおうと思ったのでした。pooled sequencing dataとindividual sequencing dataというのを両方扱えるらしい。まだちゃんと中身を…

以下のInstallの項目にしたがって、LoFreqをインストールする。 http://sourceforge.net/p/lofreq/wiki/Home/ $ sudo ./configure $ sudo make install LoFreqはあらかじめ/usr/local/srcにダウンロードしておくのはこれまでの通り。 使い方としては、lofreq…

もう一つ、同じような目的のツールを使えるようになりたい。 LoFreq http://sourceforge.net/p/lofreq/wiki/Home/こちらはマッピングを終えたNGSデータ(bamファイル)をインプットとしてマイナーバリエーションの場所を検出するとかなんとか。インストールは…

出張から帰ってきたら処理終わってたヽ(・∀・)ﾉどうやらうまく行った模様です。これはうれしい。 ただ、何時間かかったのかは不明。あと、CPUコア数とか、よく考えたら何も知らないのでした。CPUのコア数が増えることで生まれるメリットは何か？ http://jisa…

なぜRとbowtie2をインストール（の練習）をしたのかというと、研究の都合で↓のツールを使いたかったからです。 breseq http://barricklab.org/twiki/bin/view/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing NGSデータからheterogeneityを探すツール。で、インストー…

bowtie2をインストールする。 まず、置いてあるところに行ってアドレス確認。 http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.0/ 自分のPCはlinuxの64 bitだから、bowtie2-2.2.0-linux-x86_64.zipのアドレスを確認し、 $ wget (確認したアド…

出張のせいで、だいぶご無沙汰です。Rをインストールしたい。 yumコマンドでインストールするには、EPELレポジトリというのをインストールし、その後でRインストールという手順を踏む必要があるようだ。参考「CentOS 6.4 に R をインストールする」： http:/…

draにデータをアップロードするときの覚書。ド素人でもなんとなくわかるように作成されていて素敵です。linuxから作業するのが断然楽ちんだと思う。メタデータの作成は省略。要は、ここに書いてあるとおりするだけみたい。 http://trace.ddbj.nig.ac.jp/file…

mysqlにsmrtanalysisがadmin idとして追加してやりゃいいんじゃね？ と思いついた。mysqlの初期設定方法とかを眺めていると、そういう指定があったから。 CentOS/MySQL/初期設定 http://tech.hitsug.net/?CentOS%2FMySQL%2F%E5%88%9D%E6%9C%9F%E8%A8%AD%E5%A…

Step 5 Details: (New Installations Only) Set Up SMRT® Portal どうやらブラウザで起動するらしい。アドレスは、 http://hostname:port/smrtportal ちょっと悩んだが、つまりは http://***.***.***.ac.jp:8080/smrtportal ですね。で、ついに ｷﾀﾜｧ:.｡..｡.:…

job management system ジョブ管理システム（ジョブかんりシステム）とは、複数のジョブ（プログラム、バッチ処理）の起動や終了を制御したり、ジョブの実行・終了状態の監視・報告などを行うソフトウェアである。「ジョブスケジューラ」、「タスクスケジュ…

そもそもDNSの付け方がわからん。ていうかこの苦行マジなんなの？ということで基礎から情報を仕入れる。1 DNS(hostname)のつけ方 http://homepage1.canvas.ne.jp/kabada/hostname/dns.html うーん。何でもいいからオンリーワンにしとけってことでいいんだろ…

ここからが鬼門でした。まずは再起動したので、もう一度 SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis これを入力。その後、解凍なしでのインストールを始める。 $ bash smrtanalysis-2.1.1-centos-6.3.run --rootdir $SMRT_ROOT --no-extract 何行か進んだのち、 Welcome t…

しかしまだまだ終わらない。・Minimum Hardware Requirements 今更どうしようもないので気にしない。一応クリアしてるはず。 ・Network File System Requirement さっぱりわからんのでスルー。で、真打ち。 ・Installation and Upgrade Summary 順番にやって…

apxsというのがそもそも謎。Please provideのすぐ上には、 Next we need to know where the 'apxs' script is located. This script provides a lot of information about the Apache installation, and makes it easier to find things on your system. Nor…

そもそもmysqlを一回も立ち上げていないのがまずいらしい。パスワードとか聞かれてもわからなさすぎるので、騙し騙しやってみる。まずは、インストール中の窓はそのままにして新しく端末を立ち上げてrootに。 http://nomnel.net/blog/install-mysql/ を参考…

とりあえず道しるべに書いてあるように進める。1 Operating System ・英語のOSしかダメよと書いてある 今インストールしているのは、CentOS6.5 (この前6.4からyum updateしたらこうなった）の日本語。CentOS6.3しかダメよと書いてあるが、練習なので気にしな…

スパコンの方がどうも打ち止め感が漂ってきたので、今度詳しそうな人に突撃かまして聞いてみることにしました。waitから先が動かない状態になっている（のような気がする）ので、何か怪しいことが起こっているはずです。ということで、ローカルPCにsmrtanaly…

年末進行です。↓のスクリプトを眺めていて気が付いたのは、コマンドの最後で生成されているはずの***.dfq.gzはtmpディレクトリの中にきちんとできていたこと。ということは、waitとなっている箇所から、本来先に進んで次のステップに進むべきところがうまく…

そろそろ心が折れそうです。前にspraiのジョブ投入の時に作ったシェルスクリプトでは、perl /home/takawada/lcl/bin/ezez_v7.pl ec.spec asm.spec > log 2>&1のように、最後の&を消すことで少しだけうまく走るようになった。&を付け足すと、やはりすぐ止まっ…

ようやく見つけた突破口。makeblastdbとblastnは、もともと自分のホームディレクトリの中にあり、通常のspraiだとこれを使ってコンティグを作成する（はず）。正確には、~/lcl/bin/の中にあり、それぞれちゃんと存在を確認できた。 qsubでジョブを投げた時は…

ややこしくなってきたので、今何をしようとしているかを整理。 (1) DDBJスパコンで、bash5tools.pyを動かしたい。 目的：bas.h5 files --> fastq 現在：qsubでのジョブ投入ができない。 エラー：pkg_resources.DistributionNotFound: pbtools.pbh5tools==0.7…

覚書。とりあえずこれ理解しようと思う。 http://www.ep.sci.hokudai.ac.jp/~inex/y2002/1101/1101_shell.html