年末進行です。↓のスクリプトを眺めていて気が付いたのは、コマンドの最後で生成されているはずの***.dfq.gzはtmpディレクトリの中にきちんとできていたこと。ということは、waitとなっている箇所から、本来先に進んで次のステップに進むべきところがうまく…

そろそろ心が折れそうです。前にspraiのジョブ投入の時に作ったシェルスクリプトでは、perl /home/takawada/lcl/bin/ezez_v7.pl ec.spec asm.spec > log 2>&1のように、最後の&を消すことで少しだけうまく走るようになった。&を付け足すと、やはりすぐ止まっ…

ようやく見つけた突破口。makeblastdbとblastnは、もともと自分のホームディレクトリの中にあり、通常のspraiだとこれを使ってコンティグを作成する（はず）。正確には、~/lcl/bin/の中にあり、それぞれちゃんと存在を確認できた。 qsubでジョブを投げた時は…

ややこしくなってきたので、今何をしようとしているかを整理。 (1) DDBJスパコンで、bash5tools.pyを動かしたい。 目的：bas.h5 files --> fastq 現在：qsubでのジョブ投入ができない。 エラー：pkg_resources.DistributionNotFound: pbtools.pbh5tools==0.7…

覚書。とりあえずこれ理解しようと思う。 http://www.ep.sci.hokudai.ac.jp/~inex/y2002/1101/1101_shell.html

qsubをうまく機能させられずにいるようだ。例によってhttp://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=Spraiで練習。 中盤の、 #fastqを一つにまとめる。 のところから、ぼちぼちと実施。 すぐにアセンブルのコマンドがあって、 $ezez_v7.pl ec.…

12/16の続き。 (1)： bash5tools.pyの中身は、 （一行目） #!/usr/bin/env python いろんな本に「おまじない」とか書いてあるけど、そんなわけねぇだろと常々思っていた。なぜそういう言い方をするのか、教える側からすれば意味があるのだろうけども、気持ち…

ちょっと仕事で出かけるのでここで一旦小休止。勉強すべきこと。 ・環境変数 超必須項目と見たり。今後、いろんなツールやらPC環境を整えていく上で、これに慣れていくことが勝利の鍵のような気がする。・git clone リポジトリがなんちゃらかんちゃら。Windo…

とりあえず悪あがきを始めることにする。(1) bash5tools.pyの中身 #!/usr/bin/env python # EASY-INSTALL-SCRIPT: 'pbtools.pbh5tools==0.75.0','bash5tools.py' __requires__ = 'pbtools.pbh5tools==0.75.0' import pkg_resources pkg_resources.run_script…

投げたジョブの先では、普段bash5tools.pyに通っているパスが通らないのだろうと思われたので、シェルスクリプトを変更。######### #!/bin/sh #$ -S /bin/shi=ecoliK12/Analysis_Results/m130404_014004_sidney_c100506902550000001823076808221337_s1_p0.ba…

ためしに使えるE. coliデータで練習。 解凍すると、1つのbas.h5 ファイルと3つのbax.h5ファイルが入っていた。 書いてある通りに変換を試みる。 $ i=ecoliK12/Analysis_Results/m130404_014004_sidney_c100506902550000001823076808221337_s1_p0.bas.h5 $ ba…

ジョブ投入の練習。 昨日ダウンロードしたPacBioのデータがsraだったので、せっかくなのでこれをfastqに変換するツール、つまりSRAToolkitのfastq-dumpを動かしてみたい。SRAToolkit自体は既にスパコンにインストールされているようで、 $which fastq-dump …

今日もhttp://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=Spraiのまねをする。とりあえず、spraiのインストールまではうまくいったようなので、ラボのLinuxではどうやってもうまくいかなかったpbcoreのインストールに挑戦。$ cd $ git clone https…

只今出張中。現在の知識の無さを考えると、とりあえずわからんでも触り続けるべしというステップにあると思うので、先日のゲノム支援で習ったとおり、DDBJのスパコンに接続したりしてみる。「root権限が無い」とか「あとでアンインストールしやすい方がいい…

前触れなく、メモに使っていたGnoteメモが急に消えた＼(^o^)／調べてもこのメモについて書いている人がびっくりする程少なく、理由もわからない上日本語入力も変になったので、そもそも使わない方向が宜しかろうと思い、ＯＳから再インストールでやり直しす…

ちょっと考え直した。そもそも動いていないpythonはどこにあるのか？ どうも、最初からCentOSに入っていたpython (v2.6) と違うpython (v2.7.3)が起動しているみたいなので、パスを確認。パスの確認はwhichコマンドらしい。 $which python /home/(自分のid)/…

ここはアラフォーからはじめるバイオインフォの備忘録です。目下の目標はいくつかあって、その一つはPacBioのデータを何とか自分で触りたいので、SMRTanalysisと笠原さんのSpraiを自分のPCで使えるようにしたいというもの。しかしさっぱりわからない。ここ3…