Pythonを変更
もう一つ、同じような目的のツールを使えるようになりたい。
LoFreq
http://sourceforge.net/p/lofreq/wiki/Home/
こちらはマッピングを終えたNGSデータ(bamファイル)をインプットとしてマイナーバリエーションの場所を検出するとかなんとか。インストールは書いてあるとおりすればいいと思うのだけど、pythonのバージョンが2.7でないとダメらしい。
（ ´_ゝ`）
しかたがないので、インストール前にPythonをアップデートすることにするが、結構面倒らしい。基本は、↓にあるとおりにしました。
CentOS 6.4にPython 2.7.5をインストール(altinstall)し、さらに、デフォルトで2.6.6ではなく2.7.5が起動するようにする
http://next.matrix.jp/20130602.html
CentOS 6.2 に Python 2.7.2をインストールする
http://wasure-memo.h-tsk.com/2012/03/centos-62-python-272.html
$ sudo yum install zlib zlib-devel tk-devel tcl-devel sqlite-devel ncurses-devel gdbm-devel readline-devel bzip2-devel db4-devel openssl-devel
保存場所は前回と同じく、/usr/local/src/にする。
$ cd /usr/local/src/
$ sudo wget http://www.python.org/ftp/python/2.7.6/Python-2.7.6.tgz
$ sudo tar zxvf Python-2.7.6.tgz
$ cd Python-2.7.6# ./configure --with-threads --enable-shared --prefix=/usr/local
# make
これが済んだ後、設定ファイルを変更。
$ vi ./Modules/Setup
で、出てきたテキストのうち、
#SSL=/usr/local/ssl
#_ssl _ssl.c \
#-DUSE_SSL -I$(SSL)/include -I$(SSL)/include/openssl \
#-L$(SSL)/lib -lssl -lcrypto
の部分の#と一部設定を削って（↓）、保存。
SSL=/usr
_ssl _ssl.c \
-DUSE_SSL -I$(SSL)/include -I$(SSL)/include/openssl \
-L$(SSL)/lib -lssl -lcrypto
これ、何やってんでしょうね・・・。勉強しないとわからんのでしょうが、とりあえず言われるとおりにする。
で、インストール。
$ sudo make altinstall
リンクを追加。うーんよくわからん。
$ sudo ln -s /usr/local/lib/libpython2.7.so /usr/lib
$ sudo ln -s /usr/local/lib/libpython2.7.so.1.0 /usr/lib
$ sudo /sbin/ldconfig -v
$ sudo ln -s /usr/local/bin/python2.7 /usr/local/bin/python
いろいろちゃんと動くことを確認。
$ python2.7
Python 2.7.6 (default, Feb 19 2014, 00:20:17)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> exit()
$ which python
/usr/local/bin/python
$ python -V
Python 2.7.6
$ python
Python 2.7.6 (default, Feb 19 2014, 00:20:17)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> exit()
$ sudo python
Python 2.6.6 (r266:84292, Jan 22 2014, 09:42:36)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> exit()
sudoの設定がいるってのはここらしい。ちゃんと設定しないと、最初にインストールしていた2.6.6が出てくる。
sudoでコマンドを入れたときにもパスが通っているようにvisudo設定を変更。
$ sudo visudo
出てきたテキストのうち、
Defaults secure_path = /sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
の行を、書き換え。
Defaults secure_path = /usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
これを終えた後、sudoでpythonを立ち上げてみる。
$ sudo python
Python 2.7.6 (default, Feb 19 2014, 00:20:17)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> exit()
2.7.6に変わった。うまくいったくさい。
最後に、pythonのインストールでyumが変になっていないことを確認。
エラーが出なかったのでOKでしょう、たぶん。しかしめんどくさいな。
