platanus試運転 - twadの日記

おまけにもう一つ。

de novo assemblyをする機会が増えそうなので、動作確認。
サイトを見ると、binファイルでダウンロードできると書いてある。とりあえずダウンロードして、実行ファイルに変換後、binディレクトリに移動。

$ chmod 755 platanus
$ mv platanus /usr/local/bin

あとは実行するだけ。適当なNGSデータ(fastqファイル)を使ってランしてみた。

$ platanus assemble -f (fastq) 2>platanus_test

↓
ファイルが4つ出てきた。
platanus_test
out_32merFrq.tsv
out_contigBubble.fa
out_contig.fa

中身はよくわかりませんが、それらしいものができている（気がする）ので良しとします。

さてそろそろ一旦初期化かなー。