開始

ここはアラフォーからはじめるバイオインフォの備忘録です。

目下の目標はいくつかあって、その一つはPacBioのデータを何とか自分で触りたいので、SMRTanalysisと笠原さんのSpraiを自分のPCで使えるようにしたいというもの。しかしさっぱりわからない。

ここ3日ほど現場の会で聞いたやり方をそのまま実践しようとしてはみたものの、途中でエラーが出る。具体的には、pbcoreを入れようとしたときにエラーが出て止まる。pythonが動いてないらしい。

$git clone https://github.com/PacificBiosciences/pbcore
$cd pbcore
$python setup.py install

ってやると
ERROR:root:code for hash md5 was not found.
みたいな。

同じような話がないかしらと思ってググるとなにやら発見。でもさっぱりです。export CC='・・・が謎です。環境変数？なんだそれ。

前途多難。